Spolu s nedaleko ležícím dalším pralesem Hojná Voda je Žofínský prales nejstarší rezervací střední Evropy. Chráněným územím vyhlásil oba pralesy 28. srpna 1838 tehdejší majitel panství Nové Hrady, hrabě Jiří František August Buquoy (1781-1851). Žofínský prales je nyní národní přírodní rezervací (NPR) a Hojná voda národní přírodní památkou (NPP).
  |
„Při své dnešní pochůzce v polesí lužnickém našel jsem .... prales, vzbuzující obdiv a úctu svým stavem. Vzhledem k tomu, že lesy těchto vlastností budou známy brzy jen z historického líčení, rozhodl jsem se zachovat zmíněnou lesní část jako památník dob dávno minulých názornému požitku pravých přátel přírody, vzdáti se v ní veškerého lesohospodářského těžení a přikazuji Vám, abyste dalšími rozkazy uvedl tuto moji vůli v skutek, aby v této části žádné dříví se nekácelo, stelivo nehrabalo a drobné dříví nesbíralo, zkrátka, aby vše bylo ponecháno v dnešním stavu,“ napsal tehdy podle historiků hrabě svému hlavnímu lesníkovi.
Původní ochrana Žofínského pralesa se vztahovala jen na severní část dnešní rezervace o výměře 38 hektarů. V roce 1888 byla rezervace nově plošně vytyčena s výměrou 59 hektarů a byly do ní zahrnuty nové smrkové porosty. V roce 1930 byl kolem pralesa vytvořen ochranný pás, který se stal součástí chráněného území, a současná plocha pralesa je 102 hektarů. Z důvodu zabezpečení přirozené obnovy pralesa (ochrana před okusem zvěří) a zamezení devastace návštěvníky je od roku 1991 asi 80 procent současné rozlohy rezervace oploceno a veřejnost sem nesmí.
NPR Žofínský prales se nachází u obce Pohorská Ves u Českého Krumlova v centrální části Novohradských hor u Stříbrného vrchu (936 metrů). Předmětem ochrany je pralesovitý zbytek horského smíšeného lesa (hlavně bučiny) a na podmáčených místech podmáčené smrčiny. Kromě řady vzácných rostlin a bezobratlých se v pralese vyskytuje velké množství vzácných a ohrožených druhů brouků a rezervace je také významným biotopem lesních druhů ptáků, pravidelně zde hnízdí čáp černý.
NPP Hojná Voda je pojmenována podle nedaleké stejnojmenné obce a leží na svazích hory Vysoká (1034 metrů). Skládá se z pozůstatků původního pralesovitého porostu, kde převažují buky, smrky a staré jedle.
V oblasti žijí vzácní brouci, plži a ptáci, například holub doupňák, budníček lesní nebo zde pravidelně hnízdí puštík obecný. Jeho rozloha je 9,2 hektaru a na rozdíl od Žofínského pralesa je přístupný a vede zde naučná stezka.
